От пакгауза (здания для временного хранения грузов) осталась лишь одна торцовая стена, которая, по официальной версии, должна быть перенесена в музей. Снесенный пакгауз был снят с охраны еще в 2007 году, кроме того, большая часть территории Варшавского вокзала находится за пределами охранных зон. Однако, по мнению градозащитников, дореволюционные железнодорожные склады не менее ценны с исторической и архитектурной точек зрения.
Сам Варшавский вокзал является памятником федерального значения. На его территории расположены еще три здания со статусом вновь выявленных объектов культурного наследия - Вагоноремонтное депо, служебное здание в составе Комплекса построек Варшавского вокзала, водонапорная башня.
Напомним, предварительно на месте сносимых зданий и сооружений ныне не действующего Варшавского вокзала ЗАО «Эталон -ЛенСпецСМУ» планирует построить элитный жилой комплекс, входящий в «Измайловскую перспективу» - проект по реновации территории, ограниченной Московским проспектом, набережной Обводного канала, Балтийской веткой Октябрьской железной дороги (ОЖД) и Благодатной улицей.